[세무칼럼 (97)] 퇴사 직원 소득세 및 건보료 정산 필수

직원의 퇴사 절차는 크게 노무, 세무 부분으로 나눠 진행된다. 노무 부분은 직원 퇴사 사유와 그로 인한 실업급여 신청을 위한 이직확인서 제출 및 4대 보험 상실신고를 해야 한다. 그래야 직원이 해고 등으로 퇴사를 하는 경우 실업급여를 신청할 수 있고, 해당 직원의 4대보험 납부를 퇴사 시점부터 중단할 수 있다.

이와 별도로 세무 부분에서도 퇴사로 인한 업무 진행이 있다. 근속기간이 1년 이상 되었다면 퇴직금 산정과 직원의 소득세를 정산해야 한다. 

건강보험료도 정산해야 하는데, 엄연히 따지면 노무 부분이지만 직원의 납부 금액에 대해 퇴사 시점 정산이라는 점에서 소득세 정산과 같이 설명하고자 한다. 

1. 직원 퇴사 시 소득세 정산
직원을 고용하면 매월 직원들의 소득세를 납부하고, 1년에 한 번 연말정산을 통해 소득세 환급 혹은 추가 납부를 진행한다. 또 한번 직원의 소득세 정산을 해줘야 하는 시기가 있는데, 바로 퇴사할 때이다.

간단하게 ‘퇴사 시점 소득세 정산’이라고 하는데, 예를 들어 직원이 5월에 퇴사 한다면 1월부터 5월까지 냈던 소득세와 간단하게 연말정산을 해서 나온 소득세를 비교해서 환급이 나오면 마지막 급여에 더해 주고, 추가 납부가 나오면 마지막 급여에서 차감한다.

병원은 납부해야 하는 직원의 소득세인 원천세에서 그만큼 차감 혹은 가산하여 대신 납부를 하는 것이어서 직원의 퇴사로 인해 발생하는 소득세 정산에 따른 손해를 보지는 않는다. 결국 연말정산과 개념이 같다고 보면 된다.

다만 연말정산과 한 가지 다른 점이 있다면 연말정산은 부양가족 여부를 비롯해 직원의 카드사용 내역 등 모든 연말정산 자료를 반영해 진행하지만, 퇴사 시점에는 연말정산 서류 반영은 없고 단순히 급여로 인한 소득세만 고려하여 진행을 하기 때문에 어렵지는 않다. 

이렇게 퇴사 시점에 소득세 정산을 하면 반드시 해당 직원의 마지막 급여명세서에 소득세 정산을 기재해야 한다.

어쩌다 퇴사한 직원들이 연말정산 혹은 5월 종합소득세 신고 기간에 왜 퇴사할 때 소득세 환급을 안 해 주었냐고 문의하는 경우가 있다. 이는 급여명세서에 소득세 정산이 반영돼 있지 않았기 때문인데, 이는 세무대리인이 반영하는 것을 누락한 것이어서 괜히 퇴사한 직원이 오해할 수 있으니 미리 체크하는 것이 좋다.

2. 직원 퇴사 시 건강보험료 정산
거의 모든 내용은 소득세 정산과 유사하며, 건강보험료도 매년 4월에 직원이 4대보험 가입 시점에 기재된 급여로 납부한 건강보험료와 실제로 받은 급여로 인한 건강보험료를 비교해 실제 급여가 더 높으면 추가 납부를 한다.

직원이 퇴사를 하면 이때도 소득세와 같이 건강보험료 정산을 해야 하며, 직원의 납부 건강보험료와 퇴사할 때까지 실제 급여로 인한 건강보험료를 계산하여 추가 납부 혹은 환급을 진행한다.

소득세와 마찬가지로 직원이 퇴사할 때 건강보험료도 급여명세서에 환급 혹은 추가 납부를 잘 반영해서 마지막 급여와 같이 지급해야 한다. 이는 다음 달 납부할 건강보험료 고지서에 반영되어 병원에서 더 지급하지는 않는다.

간혹 퇴사하는 직원의 마지막 급여명세서에 소득세와 건강보험료 정산 내용이 반영되지 않아 퇴사 직원으로부터 고의로 세금을 주지 않은 것으로 오해를 받아 곤혹을 겪기도 한다. 반드시 퇴사 직원의 급여명세서에 소득세와 건강보험료 정산이 잘 반영되어 있는지 꼭 확인하고 지급하는 습관을 갖는 게 중요하다.