[세무관리 (113)] 통합고용세액공제의 개편

동물병원을 운영하고 있는 원장님이라면 통합고용세액공제에 대해 많이 들어봤을 것이다. 
직원 고용으로 근로자 수가 증가하면 일정 금액을 원장님들의 종합소득세에서 공제해 주는 제도로, 종합소득세 부담을 경감해줌으로써 이제는 대부분의 원장님들이 공제 적용을 받고 있을 것이다.
이러한 통합고용세액공제가 2026년 귀속분부터 공제액 및 사후관리가 개편된다.

1. 기존 통합고용세액공제
통합고용세액공제는 상시근로자 수가 증가하면 한명당 850~950만원(만 34세 이하인 청년 등은 1,450만원~1,550만원)을 3년간 공제해 주는 것으로 세액공제금액이 워낙 크기 때문에 근로자가 있는 동물병원에서는 꼭 받아야 하는 제도이다.

그만큼 사후관리도 엄격한데, 근로자 수를 3년간은 유지해야 하며, 감소하면 세액공제를 다시 납부해야 한다.
또한 감소한 연도부터는 세액공제가 정지되기 때문에 근로자 수를 3년간 유지하기가 쉽지 않은 점이 있었다.

2. 개편된 통합고용세액공제
기존 세액공제와 다르게 올해 2026년부터 세액공제 금액과 사후관리가 개편됐다. 
우선 올해부터는 근로자의 연차가 오를수록 세액공제금액이 높아진다. 또한 근로자 수가 감소를 해도 받았던 세액공제를 다시 내는 사후관리가 없어진다.

즉, 개편된 세액공제에서는 장기로 고용한 직원의 경우 세액공제금액을 연차별로 올려주며 차등 적용되며, 사후관리 완화로 인해 납세자의 부담을 덜어주는 것으로 개편될 예정이다.
물론 그에 대한 주의점도 필요하다.
 

3. 개편된 통합고용세액공제 주의점
기존 통합고용세액공제의 근로자는 근로 계약 기간이 1년 이상인 근로자가 대상이었다. 그러므로 근로계약서에 기간 정함이 없는 정규직의 경우 바로 반영을 하여 연평균 근로자 수를 계산해 증감 여부를 고려하였다.
이전에는 평균 근로자 수로 평가를 했기 때문에 특정 근로자가 퇴사해도 다른 근로자로 대체를 하면 되었다.

하지만 새롭게 개편된 세액공제에서는 평균 근로자 수가 아닌 근로자 각각으로 계산해야 하며, 실제 근로기간이 1년 이상 되어야지만 세액공제가 가능해졌다.
이로 인해 근로자 각각으로 세액공제 금액을 계산해야 하고, 연차에 따라 차등적으로 세액공제금액이 나온다.

이번 개편안에 주된 목적 중 하나는 직원의 장기근속을 유도하는 것이 큰 데, 막상 직원이 11개월 근무 후 퇴사를 하면 해당 근로자로 세액공제는 못 받게 되는 불상사가 나올 수도 있다.
또한 특정 근로자로 세액공제를 판단하기 때문에 직원의 업무능력이 미달해도 세액공제 때문에 권고사직을 쉽게 결정하지 못하는 점도 발생할 듯 하다.