동물병원 영업을 시작하여 수의사가 동물에 대한 진료행위를 개시하면 수의사와 동물의 진료를 맡긴 고객과의 사이에 법적인 계약관계가 발생하여 각자에게 권리와 의무가 주어진다. 그 외 치료를 받는 동물과 수의사 사이에 법적인 관계가 존재한다고 생각할 수 있으나 동물은 법적관계에서 주체가 아닌 객체일 뿐이고, 동물보호법에 따라 그 생명의 존엄에 대해 일정한 보호를 받을 뿐 수의사와 직접적인 법적인 관계는 당연히 고객과의 사이에 발생한다.
그런데 그 권리의무관계의 내용은 계약의 성질에 따라 달라지므로 수의사와 고객 사이의 진료계약의 성질을 알아볼 필요가 있다.
일반적으로 수의사의 진료행위는 객체가 동물이라는 점을 제외하고는 의사의 진료행위와 유사하게 파악되고 있는데, 의사와 환자 사이의 진료계약에 대하여 대법원은 ‘치료위임계약’이라고 판시하여 도급계약보다는 위임계약의 성질을 가진다고 파악하고 있으므로 수의사의 동물에 대한 진료계약 역시 위임계약적인 성질을 가진다고 보아도 무방할 것이다.
위임계약의 경우 도급계약(대표적으로 건축공사계약을 들 수 있다)과 달리 일의 완성을 목적으로 하는 것이 아니므로 별도의 약정이 없다면 의무의 이행을 위해 치료행위가 반드시 성공적일 것까지는 요구되지 않으며, 성실한 관리자로서 주의의무(선관주의의무)를 다하여 진료행위를 하였다면 고객에게 진료비를 청구할 수 있다.
진료행위와 관련하여 선관주의 의무라 함은 당시 의학상 일반적으로 인정된 지식과 기술에 의하여 진료하고, 그러한 지식과 기술 수준에서 동물의 건강이 악화될 것을 예견하고 회피하는 주의의무를 말한다.
그런데 이러한 주의의무를 다하지 못하여 동물이 상해를 입거나 죽는 등 건강에 악영향을 입게 되면 의료과오로 인해 고객에게 재산상 손해가 발생하거나, 특히 애완동물인 경우에는 고객에게 정신적 손해가 발생하므로 고객에 대하여 손해를 배상할 책임이 발생한다.
동물에 대한 진료행위와 관련한 의료과오소송은 아직 환자에 대한 의료과오소송보다 그 경우가 훨씬 적으나, 애완동물을 기르는 사람들이 늘고 반려동물이라는 인식이 확립됨에 따라 애완동물에 대한 의료과오소송은 늘어날 것으로 보인다(일본의 경우 60~70년대부터 수의료과오소송이라는 유형이 발생하였다).
한편 의사에게 치료행위에 대한 설명의무가 주어지듯이, 수의사도 고객에 대하여 설명의무가 있다는 것이 일반적인 견해다. 수의사법 제23조에서 과잉진료행위를 금지하고 있고, 그 구체적인 내용으로 수의사법 시행규칙 제23조(과잉진료행위 등) 2호에서 ‘예후가 불명확한 수술 및 처치 등을 할 때 그 위험성 및 비용을 알리지 아니하고 이를 하는 행위’를 과잉진료행위로 규정하고 있으므로 이를 법적인 근거로 하여 수의사가 치료행위에 대하여(치료행위 전에) 고객에게 설명할 의무가 존재한다고 보는 것이다.
그러므로 수의사가 설명의무를 다하지 못할 경우 고객이 자신의 동물에 대한 치료여부를 결정할 헌법상 일반적 자유권(자기결정권)을 침해하였다고 보아 위자료를 청구할 수 있을 것이다.
다만, 아직까지 애완동물에 대한 의료과오소송에 관한 판례가 많지 않아 손해배상의 범위를 어디까지로 보아야 하는지에 대한 의문이 있다.
의료과오로 인해 동물이 입은 사상을 단순히 재산상 손해로 본다면, 그 손해의 범위는 동물의 재산적 가치의 범위를 벗어나기 어려우나, 고객에 대한 설명의무가 인정되듯이 고객에 대한 정신적 손해배상(위자료)의 관점에서 보면, 의료과오로 배상해야 할 손해는 고객의 애완동물에 대한 애착의 정도에 따라서는 충분히 동물의 재산적 가치를 넘어서 인정될 수 있을 것이다(일본 판례의 태도이다). 
그러므로 진료행위를 할 때 선관주의의무는 물론 필요한 경우 설명의무를 다해야 하며, 가능하면 수술동의서나 치료동의서를 받아놓는다면 분쟁을 예방할 수 있을 것이다.
진료행위를 다하고 나서는 고객에게 진료비를 청구할 수 있는데, 진료비청구채권은 소멸시효기간이 도과되면 청구할 수 없으므로 그 안에 진료비를 청구하여야 한다.
수의사의 진료비 채권은 민법 제163조 2호에서 정하는 ‘의사, 조산사, 간호사 및 약사의 치료, 근로 및 조제에 관한 채권’에 포함된다고 해석되므로 그 소멸시효기간이 3년이다.
또한 진료비 채권은 각각의 진료행위를 할 때마다 소멸시효기간이 진행하므로 각각의 진료행위별로 채권이 3년을 도과하지 않도록 신경써야 할 것이다.

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